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CobraMod: A pathway-centric curation tool for contraint-based metabolic models
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Table of content

  • 1. Guides
    • 1.1. Functions
    • 1.2. Removing elements using COBRApy
    • 1.3. Using Git to track changes and using Memote
    • 1.4. Using the automatic cross-reference expansion
  • 2. Visualization
  • 3. Database specifics
  • 4. Requirements
  • 5. Installation
  • 6. Test cases
    • 6.1. Analysing shikimate production using an E. coli core model
    • 6.2. Adding a synthetic homoserine cycle to a genome-scale model of E.coli to reproduce in silico experiments
  • 7. API Reference
    • 7.1. cobramod
      • 7.1.1.1. cobramod.core
        • 7.1.1.1.1.1. cobramod.core.creation
        • 7.1.1.1.1.2. cobramod.core.crossreferences
        • 7.1.1.1.1.3. cobramod.core.extension
        • 7.1.1.1.1.4. cobramod.core.genes
        • 7.1.1.1.1.5. cobramod.core.graph
        • 7.1.1.1.1.6. cobramod.core.pathway
        • 7.1.1.1.1.7. cobramod.core.summary
      • 7.1.1.2. cobramod.data
      • 7.1.1.3. cobramod.parsing
        • 7.1.1.3.1.1. cobramod.parsing.bigg
        • 7.1.1.3.1.2. cobramod.parsing.biocyc
        • 7.1.1.3.1.3. cobramod.parsing.db_version
        • 7.1.1.3.1.4. cobramod.parsing.kegg
        • 7.1.1.3.1.5. cobramod.parsing.plantcyc
        • 7.1.1.3.1.6. cobramod.parsing.solcyc
      • 7.1.1.4. cobramod.visualization
        • 7.1.1.4.1.1. cobramod.visualization.converter
        • 7.1.1.4.1.2. cobramod.visualization.debug
        • 7.1.1.4.1.3. cobramod.visualization.escher
        • 7.1.1.4.1.4. cobramod.visualization.force_graph
        • 7.1.1.4.1.5. cobramod.visualization.items
        • 7.1.1.4.1.6. cobramod.visualization.mapping
        • 7.1.1.4.1.7. cobramod.visualization.pair
      • 7.1.2.1. cobramod.debug
      • 7.1.2.2. cobramod.error
      • 7.1.2.3. cobramod.retrieval
      • 7.1.2.4. cobramod.test
      • 7.1.2.5. cobramod.utils
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